• 31 октября 1959 г. летчиком-испытателем Г.К. Мосоловым установлен рекорд скорости на базе 15-25 км. Достигнута средняя скорость 2388 км/ч, а на отдельных участках 2504 км/ч;
• 16 сентября 1960 г. летчиком-испытателем К.К. Коккинаки установлен рекорд скорости на замкнутом 100 км маршруте. Достигнута средняя скорость 2148,66 км/ч, а на отдельных участках 2499 км/ч;
• 28 апреля 1961 г. летчиком-испытателем Г.К. Мосоловым установлен абсолютный рекорд высоты 34714 м.

Участвовал в воздушном параде 9 июля 1961 г. в Тушино.

В 1961 г. на Е-6Т/2 проходили испытания шасси с прямоугольными и круглыми лыжами в неубирающемся варианте. Испытания проходили на грунтовом аэродроме в Третьяково. Выполнено 18 рулежек и 11 полетов.

На Е-6Т/3 проводилась также отработка автопилота КАП-2, затем АП-155(КАП-3), а также переднего горизонтального оперения (дестабилизатора). Проходил испытания в 1961-1963 г.г. Двигатель Р-11Ф-300 со всережимным соплом, позволяющим плавно регулировать тягу на форсажных режимах. Снятие левой пушки позволило увеличить запас топлива на 140 л. Радиостанция РСИУ-5 "Дуб-5" вместо РСИУ-4В "Миндаль". Испытания ПГО завершились в июле 1962 г., выполнено 85 полетов. Испытания АП-155 закончены в сентябре 1963 г. Автопилот АП-155 внедрен в серию.

Так же ОКБ-155 поручено построить фронтовой истребитель МиГ-21Ф-13 с обеспечением длины разбега на взлете и пробега при посадке не более 300-350 метров с предъявлением на совместные государственные испытания в III кв. 1961г.

В 1961 г. были обеспечены постройка, испытания и доводка самолетов E6B/1 и E6B/2. На самолетах отрабатывались системы для уменьшения дистанций взлета и посадки, такие, как стартовые пороховые ускорители СПРД-99 (изд.314-2), система сдува пограничного слоя, размещение тормозного парашюта в контейнере у основания киля. В 1961 г. система СПС прошла госиспытания с положительной оценкой и запущена в серию. Сдув пограничного слоя с закрылков осуществлялся отбираемым за последней ступенью компрессора двигателя Р-11Ф2С-300 воздухом, который по магистрали подавался в крыло и через щели на верхние поверхности закрылка. Угол отклонения закрылка 45?. Включение системы СПС автоматическое, при отклонении закрылка на 30?.

Для дальнейшего исследования системы отсоса пограничного слоя с носка крыла, элерона и стабилизатора, а также повышения эффективности СПС на закрылках на самолете E6B/1 в 1961 г. выполнены следующие доработки:

1. Обеспечено отклонение закрылков на углы более 45? с тремя выдувами в их носовой части.

2. Изготовлен закрылок с отклонением на 45? с выдувом воздуха на каждую его часть.

3. Обеспечен сдув пограничного слоя по передней кромке крыла.

4. Обеспечено отклонение стабилизатора на угол 30?-35? по потоку с выдувом воздуха по передней кромке стабилизатора.

10 января 1962 г. на Е-6В/2 во время взлета произошел взрыв левого ускорителя и из-за возникшего пожара самолет вышел из строя. В 1963 г. на Е-6В/1 была установлена и испытана улучшенная система СПС, которая внедрена в серию. Значительно уменьшилась посадочная скорость и длина пробега, повысилась эффективность элеронов.